Mendukung peran Los Alamos National Laboratory di Pusat internasional untuk HIV / AIDS Vaccine Immunology (Chavi) konsorsium, peneliti menggunakan superkomputer Roadrunner untuk menganalisis sejumlah besar sekuens genetik dari orang-orang yang terinfeksi HIV dengan harapan dari penekanan pada daerah vaksin target mungkin.
Fisikawan Tanmoy Bhattacharya dan HIV peneliti Bette Korber telah menggunakan sampel yang diambil oleh Chavi di seluruh dunia - dari kedua pasien HIV kronis dan akut - dan menciptakan sebuah pohon keluarga evolusi genetik, yang dikenal sebagai pohon filogenetik, untuk mencari kesamaan dalam akut dibandingkan kronis urutan yang dapat mengidentifikasi daerah-daerah di mana vaksin akan paling efektif.
Dalam penelitian ini sejarah evolusi lebih dari 10.000 urutan dari lebih dari 400 orang yang terinfeksi HIV dibandingkan.
Idenya, menurut Korber, adalah untuk mengidentifikasi ciri-ciri umum dari virus menular, dan berusaha untuk membuat vaksin yang memungkinkan pengakuan virus menular asli sebelum respon kekebalan tubuh menyebabkan virus untuk bereaksi dan bermutasi.
"DNA Sequencing teknologi, bagaimanapun, saat ini sedang merevolusi, dan kami berada di titik puncak untuk dapat memperoleh lebih dari 100.000 sekuens virus dari satu orang," kata Korber. "Untuk data ini jenis baru yang akan berguna, kemajuan komputasi harus mengikuti dengan eksperimen, dan penelitian ini mulai memindahkan kita ke dalam era baru."
"Superkomputer petascale memberi kita kemampuan untuk mencari kesamaan di seluruh populasi pasien akut," kata Bhattacharya. "Pada skala ini kita dapat mulai untuk mengetahui hubungan antara infeksi kronis dan akut menggunakan statistik untuk menentukan cabang interkoneksi - dan inilah interkoneksi di mana vaksin yang dirancang khusus mungkin paling efektif.
Tentang Roadrunner, superkomputer tercepat di dunia, pertama untuk memecahkan hambatan petaflop
Pada Memorial Day, 26 Mei 2008, "Roadrunner" superkomputer melebihi kecepatan yang berkelanjutan dari 1 petaflop / s, atau 1 juta miliar kalkulasi per detik. "Petaflop / s" adalah jargon komputer - PETA menandakan nomor 1 diikuti 15 angka nol (kadang-kadang disebut quadrillion a) dan flop / s berarti "operasi floating point per detik." Tak lama setelah itu bernama superkomputer tercepat di dunia oleh organisasi TOP500 pada 2008 Konferensi Supercomputing Juni Internasional di Dresden Jerman.
Superkomputer Roadrunner, dikembangkan oleh IBM dalam kemitraan dengan Laboratorium dan Administrasi Keamanan Nuklir Nasional, akan digunakan untuk melakukan simulasi fisika maju dan prediktif dalam mode diklasifikasikan untuk menjamin keselamatan, keamanan, dan keandalan pencegah nuklir AS. Sistem ini akan digunakan oleh para ilmuwan di Los Alamos NNSA, Sandia, dan Lawrence Livermore laboratorium nasional.
Rahasia untuk memecahkan rekor kinerja adalah desain hybrid yang unik. Setiap node menghitung dalam cluster ini terdiri dari dua AMD Opteron ™ dual-core ditambah empat PowerXCell 8i ™ prosesor yang digunakan sebagai akselerator komputasi.Akselerator digunakan dalam Roadrunner adalah varian IBM yang dikembangkan khusus prosesor Cell yang digunakan di PlayStation 3 Sony ®. Node-terpasang akselerator your adalah apa yang membuat Roadrunner berbeda dari cluster khas.
Roadrunner masih saat ini tercepat di dunia dengan kecepatan 1.105 petaflop / s per detik, menurut pengumuman TOP500 pada 2008 Konferensi Supercomputing November di Austin Texas, dan lagi mempertahankan posisi # 1 pada konferensi ISC09 Juni.
0 komentar:
Posting Komentar